Achtung, unter Umständen sehr spoilerhaft!!
1. Beim Turnier von Harrenhal hat Rhaegar gewonnen und die gewonnene Krone(für die schönste Frau Westeros) nicht seiner Frau sondern Lyanna gegeben.
2. In einer "Flashback"-Szene wird davon gesprochen, dass Rhaegar für die eine Frau stirbt, die er liebt sowie, dass er als er dann endlich stirbt ihren Namen sagt(Name nicht genannt). Wäre es seine Frau Elia wäre es kein Problem den Namen zu nennen, könnte also auch Lyanna sein.
3. Wenn Eddard zum Tower of Joy kommt, trifft er auf die drei (mehr oder weniger) besten Ritter der Kingsguard. Warum sind sie dort, denn niemand mit königlichen Blut ist dort(ist ja nur Lyanna, die Starks haben kein königliches Blut). Wären sie nicht besser bei Viserys, Rhaegar oder Dany aufgehoben? Außer natürlich es ist Rhaegars Sohn den sie beschützen sollen... Jon Snow.
4. Warum hatte die rote Zauberin Melisandre so ein großes Interesse mit Jon Snow zu schlafen, wenn sie vorher nur an Männern mit königlichem Blut interessiert ist (Gendry und Stannis). Wenn Jon der Sohn von Eddard und einer normalen Frau wäre, hätte er kein königliches Blut in sich. Mit Rhaegar als Vater wäre er königlicher Abstammung.
5. Nur Robert hasst Rhaegar und spricht von der Vergewaltigung und dem Kidnapping Lyannas, selbst Eddard als ihr Bruder lässt kein böses Wort über ihn fallen und da Eddard der letzte war, der mit ihr gesprochen hatte, macht es Sinn, dass die beiden glücklich waren.
6. Lyanna sagt als letzte Worte etwas wie: "Versprich es mir" ... was soll er ihr versprechen? Auf Jon Snow aufzupassen und sein Überleben zu sichern. Wie macht er das am besten? Ihn als den eigenen Bastard ausgeben und von Katelyn angeschissen zu werden.
7. Eddard Stark wird tagein tagaus als der ehrenhafteste Mann ganz Westeros beschrieben.. Klingt das wie jemand der seine Frau hintergeht?
Das ist jetzt nur aus dem Kopf. Irgendwas vergesse ich sicher grad.
@Za'eth: Wie gesagt findet Eddard seine Schwester nicht tot, sondern im Sterben auf und sie kann ihm noch ein Versprechen aus den Rippen leiern.